中性突变是指这种突变对生物体的生存既没有好处，也没有海处，就是说，对生物的生殖力和生活力，即适合度没有影响，因而自然选择对他们不起作用。1968年日本人木村资生（M. Kimura）,根据分子生物学的研究，主要是根据核酸、蛋白质中的核苷酸及氨基酸的置换速率，以及这些置换所造成的核酸及蛋白质分子的改变并不影响生物大分子的功能等事实，提出了分子进化中性学说（Natural Theory of Molecular Evolution）。1969年美国人J.L. King和T. H. Jukes用大量的分子生物学资料进一步充实了这一学说。这一学说认为多数或绝大多数突变都是中性的。即无所谓有利或不利，因此对于这些中性突变不会发生自然选择与适者生存的情况。生物的进化主要是中性突变在自然群体中进行随机的“遗传漂变”的结果，而与选择无关。这是中性学说和达尔文进化论的不同之处。