超显性假说(overdominance hypothesis)又称“等位基因异质结合假说”，是1918年由Shall C H和East EM各自分别提出的。这个假说的要点是杂种优势并非由显性有利等位基因互补决定的，而是由于杂合等位基因(a1a2)的两个成员在生理、生化反应能力以及适应性等方面，均优于任何一种纯合类型(a1a1或a2a2)。这种杂合等位基因不论是显性基因还是隐性基因，都表现出优势。这种超显性假说与上面提到的显性假说相比，有一个重要的差别：显性假说认为，两个亲本必须有两对和两对以上等位基因有差别时，等位基因间的相互作用才能表现杂种优势；超显性假说则认为，两个亲本只要有一对等位基因的差别，杂种就表现出优于亲本的杂种优势。