近交是指有亲缘关系的个体间的交配或配子的结合，包括自交(selfing)、全同胞交配、半同胞交配、表兄妹间交配和回交等。自交是近交的极端类型，一般只出现在植物界中，动物界中是极其罕见的。同胞交配类似于自交，但纯度低于自交。因为自交的雌雄配子都来自同一个个体，如果该个体是纯种，则配子完全是相同的；同胞交配就不一定是完全相同的。

近交的一个最重要的遗传效应就是近交衰退，表现为近交后代的生活力下降，适应能力减弱，抗病能力较差，或者出现一些畸形性状。因此，在自然界中生存的动物和绝大多数植物都是远交(outbreeding)的。但是，近交也有有利的一面。如自交或近交的后代纯合性高，性状比较整齐一致，如是作物就便于栽培管理。在经济作物中近三分之一左右是白花授粉的，如水稻、小麦、大麦、豌豆、菜豆、马铃薯和烟草等。由于自花授粉需要的花粉量少，在恶劣条件下，比异花授粉更有利于繁衍后代，所以在自然选择作用下，保留了一些自花授粉的植物，在长期进化过程中，逐渐消除了自交的不利影响，成为具有较强生活力和适应能力的稳定类型。近交退化的一个重要原因是这种交配方式提高了隐性基因纯合个体的出现频率。生物在长期进化过程中，有不良效应的基因多半以隐性基因状态存在，以一定的频率保留在群体之中，当近亲交配时，群体中不同个体携带的隐性基因将有较多的机会形成纯合子，从而表现出不良的隐性性状。

近交的遗传效应可用近交系数(coefficient of inbreeding)来表示，记作F。这是指一个个体从它的某一祖先那里得到一对纯合的、等同的，即在遗传上是完全相同的基因的概率。同一基因座上的两个等位基因，如果分别来自无亲缘关系的两个祖先，尽管这两个等位基因在结构和功能上是相同的，仍不能视作遗传上是等同的；只有同一祖先的基因座上的某一等位基因的两份拷贝，才算是遗传上是等同的。

两个有亲缘关系的个体交配，这两个个体有可能从共同祖先那里得到同一基因；这两个近亲交配的个体，又有可能把同一基因遗传给下代。此时，下代个体得到的一对等位基因将不仅是纯合的，而且在遗传上是等同的。得到这样一对遗传上等同基因的概率就是近交系数。例如，一个杂合体Aa自交得到的下代中，有一半是杂合子，一半是纯合子。纯合子AA或aa，不仅是纯合的，而且是遗传上等同的，因为纯合子的一对AA(或aa)，就是其杂种亲本仅有的两个等位基因中的一个(A或a)的两份拷贝。自交第一代个体中，纯合子占一半(1/2)，就是带有遗传上等同的两个基因的个体所占比例，也就是近交系数。