显性假说首先由Bruce(1910)提出，后来Jones(1917)又进一步补充为显性连锁基因假说，简称显性假说。该假说认为: 多数显性基因有利于个体的生长和发育，相对的隐性基因不利于生长和发育。来自一个亲本的显性基因可以遮盖来自另一亲本的隐性基因，使得F1中具有比亲本的显性基因组合多，从而增加了杂合子代的生长势。根据这个假说，杂合个体进行自交或近交就会增加子代纯合体出现的机会，暴露出隐性基因所代表的有害性状，因而造成自交衰退。该假说还认为: 具有杂种优势的性状，例如产量等均为数量性状，涉及到很多基因，并且有害的隐性基因和有利的显性基因难免相连锁，所以要把为数较多的有利基因全部以纯合体状态集中到一个自交后代个体中的概率是微乎其微的，因而不可能获得一个同杂种生长势一样的自交系。
　　显性假说强调显性作用基因对作物杂种优势的贡献，同时也得到部分实验结果的支持，但过于简单化。
　　Bauman(1959)和Spragne等(1962)的研究结果显示，玉米籽粒产量受显性基因影响，Castro等(1968)和Eberhart等(1968)利用数学模型分析开放受粉作物栽培玉米的双亲、F1、F2和自交后代的籽粒产量，结果显示显性效应并不重要。Burton(1983)用显性和非显性两种模型对玉米杂种优势进行了分析，指出，显性效应并不是造成玉米杂种产量差异的主要原因。Xiao等(1995)用RFLP分子标记进行水稻数量性状杂种优势遗传基础研究。他们选择了12个涉及水稻产量有关的一系列数量性状进行田间观察与室内分子标记多态性分析。他们的结果显示: 水稻杂种优势与整个基因组的杂合性不存在相关性，特别是在F8代自交系中筛选到一些重要株系，其综合表型优于2个自交系亲本的F1代; 因此他们认为，水稻杂种优势主要决定于亲本基因的显性互补。