在生物学上，通常是把生物体后天产生的孔称为穿孔。除了由正常的组织分化而产生的孔外，还有由于畸形、损伤、手术等多种原因所形成的孔。在植物学上，可以看到随着导管细胞的成熟，上下壁隔消失而形成的孔。最普通的是，一个大型的圆形孔或椭圆形孔，仅仅在边缘留下一些原来壁的痕迹，这种孔称为单穿孔。几个乎行的以薄壁隔开的细长孔称为梯纹穿孔。多数圆形孔是以不规则的形式有在，而各个孔本来由具缘纹孔相贯通的称为孔纹穿孔（麻黄属）。此外，还有不规则的穿孔以及梯纹和孔纹穿孔并存的情况。