啤酒的细菌指标是啤酒卫生要求的重要内容，根据GB2957的规定，熟啤酒细菌总数≤50个／ml，大肠菌群≤3个／100ml。下面就瓶装熟啤酒的细菌指标影响因素发表一点看法，望各位同行批评指正。
1．清酒的污染程度
在整个酿造过程中，细菌污染随时都可发生。麦芽汁中虽含有一定防腐力的酒花树脂，仍不免有污染；发酵过程更易受杂菌感染，清洗不彻底，最后的清洗水中也会存在杂菌；发酵后期的啤酒，含有一定量的酒精和较多的CO2，并处于厌氧、低温、低PH值的条件下，对细菌生长不利，但仍难免有某些厌气菌和微好气菌污染；滤酒过程中由于过滤机及管路、清酒罐洗涤不彻底或补压气体污染均可造成清酒染菌。可以说，清酒染菌是瓶装熟啤酒细菌超标的直接原因。
2．啤酒瓶的洁净程度
啤酒瓶的洁净程度对瓶装熟啤酒的细菌指标有一定影响，尤其是用回收瓶。所以啤酒瓶必须经过选择，浸洗瓶温度、碱液浓度视瓶子污秽程度进行调整，使洗出的啤酒瓶无菌、无毒、无积水，且输送距离短，才能保证用于灌装的啤酒瓶细菌指标不超标。
3．灌装设备的清洁程度
啤酒厂都对酒机物料管线进行碱液循环洗涤，当碱液浓度降低到一定程度后，就达不到洗涤效果。酒阀、酒缸等都是较难清洗的部件，特别是回气管长期裸露于空气中，即使灌装完毕清洗干净，一段时间后都有可能再污染。酒机激沫装置必须定期清洗管路及过滤器。酒缸补压的CO2或其它气体必须净化。灌装设备及环境也必须洁净，瓶装熟啤的细菌指标才有可能不超标。
4．杀菌设备的运行情况
如清酒污染了大量高温菌，即使杀菌机运行良好，瓶装熟啤的细菌指标也会超标。但如果杀菌机温度控制不当。杀菌机步移周期过短，或喷嘴堵塞。水量不足等会造成杀菌不彻底，成品瓶酒中细菌指标也可能超标。
5．啤酒中残糖含量
瓶装熟啤中细菌数量与残糖含量有一定关系。如果啤酒残糖含量低且杀菌彻底，熟啤的细菌指标就不会超标。
要从根本上解决细菌指标超标问题，必须规范操作，进行经常性的微生物检验和加强清洁灭菌工作，保持设备运行良好。只有这样才能保证成品啤酒的卫生要求。