已发现的病害有30余种，其中真菌性病害最多，病毒类主要是大豆花叶病毒，线虫病主要为孢囊线虫和根结线虫。

大豆锈病、炭疽病、细菌性斑疹病等，在南方发生较重。北方春大豆区霜霉病、灰斑病、细菌性斑点病、孢囊线虫病发生普遍。大豆病毒病在各大豆栽培区都有发生。

为害大豆粒荚为主的有：紫斑病Cercospora kikuchii、轮纹病Ascochyta glycines、赤霉病Fusarium avenacearum(Fusarium roseum、Fusarium semitectum)、荚枯病Macrophoma mame、炭疽病Colletotrichum glycines、黑痘病Sphaceloma glycines。

叶部病害主要有：霜霉病Peronospora manshurica、灰斑病Cercospora sojina、褐纹病Septoria glycines、黑斑病Alternaria brassicae var.phaseoli Alternaria fasciculata Alernaria tenuissima、锈病Phakopsora pachyrhizi、白粉病Erysiphe polygoni、细菌性斑点病Pseudomonas glycinea、细菌性斑疹病Xanthomonas phaseoli var. sojense、大豆花叶病Soybean mosaic virus(SMV)等。

茎秆部病害有：菌核病Sclerotinia sclerotiorum、黑点病Phomopsis sojac(Diaporthe phaseolorum)、纹枯病Pellicularia sasakii。

根部病害有：立枯病Rhizoctonia solani、猝倒病Pythium debaryanum、枯萎病Fusarium bulbigenum (F.oxysporum)。

还有孢囊线虫Heterodera glycines主要发生在黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古、河北、山东、河南等省(自治区)。根疫病Phytophthora magasperma var.sojae是美国的主要病害，中国尚未发现。是检疫对象。

大豆病害的防治以抗病品种为主的综合防治措施。药剂防治：在30余种大豆病害中，由种子带菌为初次侵染源的占60%左右，药剂拌种能减少病害的侵染源，而且对苗期病害也有防治效果。如福美双0.3%拌种，可防治大豆霜霉病和灰斑病。叶部病害如霜霉病、灰斑病，根部病害如孢囊线虫病等，均可用药剂进行有效防治；农业措施防治，采取合理轮作，如防治大豆孢囊线虫病，实行大豆与禾谷类作物或非寄生作物3-5年轮作，减少虫源。 种前通过选种，建立无病种子田，对防治霜霉病、紫斑病、灰斑病，大豆花叶病毒效果较好。中耕除草，排除田间积水，能减轻大豆觖病和根部病害的发生。增施有机肥，适时灌水，可减轻孢囊线虫病的为害。清除田间杂草，亦可减少大豆花叶病毒等病害。