密度梯度是用以防止对流保持pH梯度，避免已分离物质再混合的重要措施则由重溶液和轻溶液以梯度混合形成。用做密度梯度的溶质应具有以下条件：溶解度高，粘度低；密度大，得到的密度差不低于0.12克/厘米3，不与样品蛋白质起反应，不解离。最常用的是蔗糖（分析纯），它对蛋白质不仅无害还有保护作用。重溶液含蔗糖50%（W/V)，这时柱上和柱下最大密度差为0.2克/厘米3，浓度太高则粘度过大适用。蔗糖在高pH值时会分解，影响pH梯度及pI值测定，这种情况下可改用甘油，也可用甘露醇，山梨醇，右旋糖酐等。
　　在测定未知蛋白时，可先采用pH3-10的载体，经初步测定后改用较窄的以提高分辨率，在使用pH7以上或以下范围时，因缺少中性载体，在聚焦过程中载体与电极之间在pH7部位就会形成纯水区带，纯水的电导极低，必须避免此现象。凡使用离开中性的pH范围的载体时应加入相当于0.1载体量的pH6-8或pH3-10的载体。在用pH低于3的范围时，可加有机酸如一氯醋酸，二氯醋酸，甲酸，乙酸，pH离于10时，可补加胺使pH增加到11。载体在pH6附近电导较低，可以与蔗糖密度梯度互相补偿，蔗糖浓度高时电导低，所以可把pH6电导低部位放在柱上部，也就是用pH6以下范围时，阴极在上，而用pH6以上范围时，阳极在上方。
　　电聚焦有高的分辨力，一般样品不需提纯，分析上可用来测定混合物中某一成分的相对比例：如大量提纯蛋白质，则应预先初步提纯。有些物质（如核酸）聚焦时会沉淀，应预先除去。蛋白质应不含盐，因盐浓度高电流大，易发热，而且盐离子迁移至两极产生酸碱，占据了分离的有效部位。加样体积不受限制，最高可达80-85毫升。 　　等电点聚焦的分离容量受下列几个因素影响：聚焦后每一区带的蛋白量取决于密度梯度所能支持的蛋白质，提高密度可以提高分离容量；容量与区带高度的平方成正比，降低电压可使区带变宽，提高容量，但分辨率降低，聚焦时间长，用窄的pH梯长范围可以使区带变宽，提高分辨率。用110毫升柱时，每一区带蛋白质含量最高可达２0-25毫克，由于粗蛋白样品可分为很多区带，所以总量可以加至几百毫克；分离的容量与柱的横载面成正比，用440毫克柱时，可加粗蛋白质5克，每一区带可达一克。