将噬菌体基因组和质粒等整合到其他的染色体的过程。也称为整合。在原噬菌体的插入过程中，一般需要由噬菌体侵染而形成的特殊的交换机制，在这个机制作用下，噬菌体基因组中的特殊结构部分（附着部位）与寄主染色体上某个特殊结构之间相互发生交换，从而使噬菌体基因组全部插入到寄主的染色体中。