像葡萄糖磷酸变位酶、磷酸甘油酸变位酶那样的一些催化基分子内转移酶。但其反应机理不一定都是真正分子内转移。例如对磷酸甘油酸变位酶来说则有催化真正分子内转移的酶（EC5．4．2．1），以及与之具同样结果的可将甘油酸-2-磷酸的磷酸基转移到3位上的分子间转移的酶（EC2．7．5．3）。此外还有在分子内转移氨基的氨基变位酶（氨基转移酶）等。