座位不同的二个或者二个以上的基因，具有表现相同性状作用时称为同效基因（H．Nilsson-Ehle，1909）。各基因之间的作用有互补和累加二种，如把车前草的具斑纹的系统与正常的绿色系统杂交，F₂绿色对斑纹之比为15∶1。这里假定有不连锁的二对等位基因，只要带有其中一个显性基因这个个体就成为绿色，也就是说二对等位基因中各自的显性基因，作用上是相互等同的，都能显示充分的显性效应，或是当一对基因中有显性基因而第二对基因中全是隐性基因时，照旧可显示其显性作用，这样就可说明出现15∶1分离的原因。这时，在表现程度上与显性基因的数目多少没有关系，但小麦的籽粒颜色的遗传则与三对同效基因有关，然而由于各别的显性基因的作用可以等价地累加，因此在F₂中颜色的深浅可以分离成6个等级。即使在具有同样数量的显性基因的等级之中，由于环境不同也有差异，所以事实上就表现为连续的变异。这一连续性随着同效基因对数目的增加而变得更为显著。对数目很多的同效基因则称为同效多基因。多基因也被看作为数目很多的同效基因。同效基因有n对时，在F₂中产生的纯合隐性性状的个体的分离比是（1／2）^2m（例如同效基因是三对时分离比是1／64，是4对时则为1／256）。如果使分离的各等级的后代进行自体繁殖，就可以识别这些等级是同效基因还是环境变异所造成。当有关的同效基因数目不多时，根据F₂的各等级的分离比能推断出有关同效基因的数目。