通常是指突变的发生率，表示每一生物体每一世代发生某一突变的频率。自发突变主要发生在DNA复制的时候，像人这样进行有性生殖的生物中，某一基因座位每个配子每个世代的自发突变率一般等于成熟精子（或卵）中带有新发生突变（即不是祖先传下来的）的精子（或卵）的比例。但如果从细胞水平上来说，性细胞群的自发突变率f（细胞群中突变细胞的比例）与每个细胞世代的自发突变率u（每个细胞世代所发生的突变的概率）这二个数值是不一样的。u的量可以用u=f／g来表示，g表示“有效细胞世代数”，规定其严格推算是很困难的，大致等于“根据成熟精子（或卵）中突变型的数目来估计的这种突变在性细胞形成过程中最多发生在某个世代前的数值”。基因（／基因座位／配子或细胞）的每代自发突变率在大肠杆菌中一般为10-8-10-9，果蝇一般为10-5，家鼠为10-6，每一细胞世代（每次分裂）的自发突变率应将此数除以有效细胞世代数。射线诱发的突变则用每单位射线剂量的诱发突变率〔／基因座位／rad或R〕来表示。它的数值一般在大肠杆菌中是10-9-10-10，果蝇约为10-8，家鼠约为10-7。
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