文昌鱼的血管系，是闭锁血管系。腹大动脉在咽头侧面向左右发出多数分支进入鳃裂间的鳃桁中，再集合形成背大动脉，向后行分布于全身，其大部分形成主静脉，沿腹面前进。背大动脉的一支分布于消化管之后，再集合形成肝门静脉入肝，经肝静脉与主静脉汇合入腹大静脉。与环节动物型循环系的主要不同点是背腹大血管中的血流方向完全相反和伴随肝脏的出现而有肝门脉系存在。在这个型中没有在鳃呼吸型循环系中及肺呼吸型循环系中所见的肾门脉。