与个体发生同为E．H．Haeckel（1886）提倡的术语。追寻生物的各种族从发生到绝灭的形态变化，简而言之，就是种族的历史。而phylogenie一词也就是关于这方面的研究（系统学）。系统发生的研究，在现存生物的生物学中，是以比较解剖学、比较胚胎学和比较生物化学等作为基础来进行的。在古生物学中是以追踪各时代的生物遗迹，也就是化石来完成的。在19世纪的后半叶，根据生物发生律所追寻的系统发生是肯定可靠的，它也是促使比较胚胎学兴盛的原因，但出现对此定律的种种批判，感到已达到了极限。但是进入本世纪后，由于贝尔（G．R．deBeer）及其他人对个体发生和系统发生的关系重新进行了研究而开辟了新的途径。在古生物学的研究中，从W．H．Waagen（1869）对于菊石类（Ammo－nite）研究以来，直接探索系统发生，有不少成功的实例，如马科、象科等的研究也包括在内。不过若从整个生物界来看，通过化石的研究来确定系统发生的情况还是不多的。
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