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1．二者的目标一致：
两个体系都立足以改进质量为主，并且都强调满足客户的需求。ISO9000体系8项质量原则第1条就是以顾客为中心；而在零缺陷理论中我们可以看到1个中心以及四位一体的价值观也同样体现了以顾客为中心的思想（1个中心是以诚信为自己的客户服务，而四位一体的价值观更明确提出了与客户实现共赢）。
2．二者的本质一致：
ISO9000体系的8项质量管理原则中的各种方法，如过程方法、管理的系统方法、基于事实的决策方法等在本质上是为各种公司提供一种思路，从而减少消耗，以最小的投入实现最大的价值；而零缺陷更明确的提出了做正确的事，第一次就把事情做正确的观念（二正为本）并且辅之以更全面的实行方法（三全为要、八三成系），与ISO9000体系的各种方法可说是殊途同归。
3．二者在管理的原则上同样一致：
如ISO9000体系强调领导作用；而在零缺陷的要求中每一条中都渗透领导带头的思想；ISO9000体系将管理的重点放在预防上，而零缺陷理论更将将做好预防做为四项原则中的一项明确表达出来；ISO9000体系中的基于事实的决策方法，在零缺陷理论中也要求明确需求，二者都要求做事以事实为依据；ISO9000体系中将互利的供方关系列为8项质量管理原则中的一条，而零缺陷理论中的四位一体的价值观也要求与供方协调发展，最终实现双赢。
但二者的区别也是较明显的。ISO9000仅仅体现出了零缺陷四项基本原则中的两条，而另外的两条却没有体现，即：一次做对，科学衡量。而这正是零缺陷与ISO9000的最大区别之一。二者的区别主要表现在以下几点：
1．ISO9000标准偏重于主观，零缺陷标准为客观标准。
什么样的产品才是最好的产品呢？ISO9000体系要求我们建立一整套的文件，并严格按文件体系来执行。产品出货标准是其中的一个文件。对于某件产品的某项指标，ISO9000体系会要求建立一个公司内控制的标准。当然内控标准可以满足绝大多数的客户。但客户的标准往往是有差别的。这就易造成同一标准对不同的客户会产生不同的效果，如客户要求比大多数客户要求的严，显然我们的内控标准很易造成客户的不满；相反，要求较松的客户又易造成公司内部成本的增加。所以，ISO9000体系是一个较主观的标准。检验的依据也是公司主观制定的标准。容易出现产品虽然符合ISO9000文件要求但并不能很好的满足客户的要求的不良现象。而零缺陷体系更注重客观，要求一切从客户出发，什么是最好的产品，能完全满足客户要求的产品就是好产品。既能满足客户要求，又能防止不必要的成本浪费。当然ISO9000：2008版也明确提出了以客户为中心，但对于具体的作法参照零缺陷要求会更易实行。
2．ISO9000没有明确的条文要求一次做对。
ISO9000做为一个用于第三方认证的标准，为了迎合各行各业的认证需要，需要有很强的操作性，从而削弱了许多对企业管理真正有用的观念，比如一次做对，如果每个企业都能一次做对，可以大大节省企业运作的成本，但ISO9000做为一个用于第三方认证的标准，如果将一次做对收入它的条文中，那么这个标准将很难作为第三方认证标准实行下去，但是，一次做对确实是每个企业都力求达到的目标。ISO9000之所以没有用这一条，可能是为了便于实行及认证，有它一定的合理性， 但零缺陷正因为有了这一条，在管理时就比ISO9000系统更加有效。
3．ISO体系中不包括科学衡量。
关于衡量在ISO9000内几乎很少有类似的条款，但这一条有用吗？大家也许听说过：海尔公司将公司的不良品全部砸掉，员工从这种实际行动中体会到了工作中产生的不良品会造成什么后果，在员工中造成了极大的思想震撼，从此以后，海尔的良品率得到了极大的提升。清溢公司经过近2年的实际动作，证明这一条对于企业管理来说相当有效，每次产生的不良品，公司都会让每位员工了解因此次不良给公司造成多大的浪费，并且当事人及相关主管共同承担相应的责任，一来让员工更深刻体会到自己造成的损失，二来加强了员工的团队精神。当员工在某些方面有突出表现或有特殊贡献时，公司也会量化员工的贡献给公司带来的效益，并给相关人员一定的奖励。在公司快速发展的过程中，衡量起了不小的积极作用。
4．ISO9000体系注重以一整套的文件来规范每个人的行为；而零缺陷更注重于通过改变员工的心智来使员工能一次做对。一个为被动执行死板的文件，一个为主动要求做正确。
怎样才能使您的员工一次做对呢？这又是ISO9000与零缺陷的一个很明显的区别，在ISO9000中，标准试图以一系列的规范化活动来规范每个员工的日�；疃�，从而确保每个员工都能最大限度的做好，这套方法在平时的管理活动中有一定的效用，但在遇到紧急事态或突发事件时，又往往因为太死板的职责及权限而造成问题处理的拖后；而零缺陷则要求一次做对从改变员工的心智开始入手，保证员工能一次做对，由“要我做”变为“我要做”，并且辅之以有效的制度来使员工能一次做对。
5．在质量管理活动中，零缺陷比ISO9000体系更注重各个部门的接口问题。
哪里最容易出质量问题？绝大部分管理者都有深刻的体会，在部门与部门之间的灰色地带以及上下游交接中最容易出问题。清溢公司也曾被此问题困扰。但随着零缺陷理论的导入，此问题得到明显的解决。在引入零缺陷管理体制后，清溢公司以零缺陷理念为指导，制定了上下游合同加合作的机制，明确规定了每个部门的职责界限，并在合作精神指导下以合同形式明确规定。并且制定了上下游互检制度，对于交接中出现的问题，由上下游共同承担，很好的解决了灰色地带问题。在ISO9000体系中也有要求制订明确的工作职责，但仅仅有明确的职责往往导致本位主义，从而造成问题谁也不管的局面。
6．零缺陷理论是质量管理，而ISO9000体系更侧重质量保证。
零缺陷理论是质量管理体系。而ISO9000体系并不是严格意义上的质量管理，虽然ISO9000：2008正在向这个方向靠近。ISO9000更侧重于质量保证。以开车为例，零缺陷教会我们怎样去开车，而ISO9000体系则给我们提供一整套的操作手册。即使您拥有操作手册并把它背的滚瓜烂熟，也不见得您就可以开好车。ISO9000强调以程序化被动的要求别人怎么做；而零缺陷理论更注重从改变员工心智入手，使员工主动要求自己能做好。
正是由于零缺陷体系比ISO9000体系有这些优点，所以零缺陷已被越来越广泛的企业所接纳。但ISO9000作为一个第三方认证的标准，又使得各企业为了竞争的需要同时也要进行ISO9000体系的认证。这就存在另一个问题：在一个企业里同时运作两套体系会不会有冲突？会不会有大量重复工作？会不会一套体系仅仅作为另一套体系的附属品？
对这个问题完全不必担心，正如ISO9000体系与
ISO14000体系可以整合为一套体系一样，ISO9000体系同样可以与零缺陷体系整合为一套体系。因为二者的管理思路是相通的，在整合中，对于一些实务性要求，如零缺陷有要求而ISO9000体系中没有要求的，我们可以在ISO9000体系中加上相关的要求，如科学衡量。对于一些比较务虚的要求，比如一次做对，可以在ISO9000体系的培训中作出更高标准的相关规定，并切实下大力气做好相关的培训，再辅之以纠正预防及科学衡量，在员工内心中强化一次做对的观念，改变员工的心态，使员工从“要我做”的观念变为“我要做”的观念。所以说二个体系可以最终合并为一.
