淡水生物群落包括湖泊、池塘、河流等群落，通常是互相隔离的。淡水群落一般分为流水和静水两大群落类型。流水群落又可分为急流和缓流两类。急流群落中的含氧量高，水低没有污泥，栖息在那里的生物多附着在岩石表面或隐藏于石下，以防止被水冲走。通常有根植物难以生长，但有些鱼类 ( 如大马哈鱼 ) 能逆流而上，在此保证充分的溶氧供鱼苗发育。缓流群落的水底多污泥，底层易缺氧，游泳动物很多，底栖种类则多埋于底质之中。虽然有浮游植物和有根植物，但它们所制造的有机物大多被水流带走，或沉积在河流周围。静水群落，如湖泊，分为若干带。在沿岸带(1ittoral zone) 阳光能穿透到底，常有有根植物生长，包括沉水植物、浮水植物、挺水植物等亚带，并逐渐过渡为陆生群落。离岸到远处的水体可分为上面的湖沼带(1imnetic zone) 和下层的深底带(profundal zone) 。湖沼带有阳光透入，能有效地进行光合作用，有丰富的浮游植物，主要是硅藻、绿藻和蓝藻。深底带由于没有光线，自养生物不能生存，消费者生物的食物依赖于沿岸带和湖沼带的有根植物和湖沼带的浮游植物。温带的湖泊分为富养的和贫养的两类。富养湖一般水浅，贫养湖则深。大陆中的水体还有一些特殊的群落类型，如温泉和盐湖等。