实行食品质量安全市场准入制度有3项基本原则：
    （1）坚持事先保证和事后监督相结合的原则。为确保食品质量安全，必须从保证食品质量的生产必备条件抓起，因此要实行生产许可制度，对企业生产条件进行审查，不具备基本条件的不发生产许可证，不准进行生产。但只把住这一关还不能保证进入市场的都是合格产品，还需要有一系列的事后监督措施，包括施行强制检验制度、合格产品标识制度、许可证年审制度以及日常的监督检查，对违反规定的还要依法处罚。概括的说，要保证食品质量安全，事先保证和事后监督缺一不可，二者要有机结合。
    （2）实行分类管理、分步实施的原则。食品的种类繁多，对人身安全的危害高低不同，同时对所有食品都采取一种模式管理，是不科学的，不必要的，还会降低行政效率。因此，有必要按照食品的安全要求程度、生产量的大小、与老百姓生活相关程度，以及目前存在问题的严重程度，分别轻重缓急，实行分类分级管理，由国家质检总局分批确定并公布实施生产许可证的产品目录，逐步加以推进。
    （3）实行国家质检总局统一领导，省局负责组织实施，市局、县局承担具体工作的组织管理原则。鉴于我国食品生产的量大面广、规模相差悬殊以及各地质量技术监督部门装备、能力水平参差不齐的实际状况，推行食品质量安全市场准入制度采取统一管理、省局统一组织的管理模式。国家质检总局负责组织、指导、监督全国食品质量安全市场准入制度的实施；省级质量技术监督部门按照国家质检总局的有关规定，负责组织实施本行政区域内的食品质量安全监督管理工作。市（地）级和县级质量技术监督部门主要承担具体的实施工作。