获得国家产品质量免检和中国名牌的食品生产企业也要申请《食品生产许可证》。《加强食品质量安全监督管理工作实施意见》规定，国家对食品的生产加工实行食品质量安全市场准入制度。从事《食品质量安全监督管理重点产品目录》中的食品生产加工企业，必须具有保证食品质量安全的基本条件，按规定程序获得《食品生产许可证》，生产加工的食品必须经检验合格并加盖印（贴）食品市场准入标志后，方可出厂销售。而《产品免于质量监督检查管理办法》和《中国名牌产品管理办法》中均将取得国家规定的生产许可证做为国家免检产品和中国名牌产品的一个前提条件。因此，《加强食品质量安全监督管理工作实施意见》颁布后，已经获得国家免检产品和中国名牌产品资格的企业，也必须在规定的时间内取得《食品生产许可证》，否则，将被取消国家免检产品和中国名牌产品资格；没有取得《食品生产许可证》的企业，其产品不得申报国家免检和中国名牌。