菌核病主要危害西瓜的茎蔓、叶片和果实。茎基部染病，初生水渍状斑，后扩展成淡褐色大斑，造成茎基部软腐或纵裂，湿度大时病部着生白色絮状菌丝体，导致病茎枯死。叶片染病，叶面出现灰褐色湿腐状大斑，湿度大时病斑上着生白色絮状物，叶片腐烂。瓜染病，多在幼瓜的花蒂处出现水浸状斑，扩大后呈湿腐状，瓜面密生白色絮状菌丝体，后期病部出现鼠粪状菌核。该病发生的适宜温度为15～20℃、相对湿度在85％以上，即棚内低温高湿有利于发病。连年种植瓜类、茄果类、十字花科作物的田块，以及排水不良的低洼地、偏施氮肥的地块发病重。

防治大棚西瓜菌核病，应采取综合措施。（1）水旱轮作。沿海地区春大棚西瓜6月底清田后接茬栽插水稻，菌核在水中1个月就会腐烂。（2）种子消毒。用50℃温水浸种10～15分钟可杀死菌核。（3）覆膜抑菌。定植前畦面全部覆盖地膜，可以抑制子囊盘出土释放子囊孢子，减少菌源。（4）调温控湿。推广应用膜下软管滴灌技术，既节约用水又降低棚内湿度。早春晴天上午以闷棚为主，让棚顶水珠雾化，中午及时通风散湿，夜晚注意覆盖保温，减少叶片结露。（5）喷药防病。发病初期用50％腐霉利可湿性粉剂1000～1500倍液，或70％甲基硫菌灵可湿性粉剂800～1000倍液，或40％多菌灵胶悬剂500倍液，或甲霉灵65%甲硫·霉威可湿性粉剂800～1000倍液，或施佳乐400克/升嘧霉胺悬浮剂600～800倍液喷雾防治，每隔5～7天一次，连续防治3～4次。喷药要避开中午高温时段，以免产生药害。（6）烟剂熏烟。4—5月遇连续阴雨天气，及时将病株上的烂花、烂瓜、烂叶、烂蔓清出棚外深埋，同时每亩用10%腐霉利烟剂或45%百菌清烟剂250～300克熏烟防治。在傍晚关闭大棚后均匀布点5～6个，由内向外依次点燃烟剂，次日充分通风换气后人才能进棚。根据病情每5～7天熏一次，连熏2～3次。值得注意的是，烟剂只能在大棚、中棚和温室中使用，不能直接在小拱棚西瓜上使用，以免产生药害。