牛蒡和山药一样，很容易流失水份或产生木质化现象，所以买回家后要趁早食用，由於牛蒡在保存期间会不断变硬，香气也会逐渐散失，因此最好不要大量购买。牛蒡若一时吃不完，可以先将要食用的份量切下清洗，原则上较细的一端先食用，剩余的部份不要碰到水，用报纸或保鲜膜包住，放在阳光晒不到的阴凉场所，另外也可用沾湿的报纸包裹牛蒡，放在冰箱冷藏室的最下层即可。
如果买回来的牛蒡还带有叶子，必须先将叶子切除再保存，否则叶子会继续吸收水份，让牛蒡可食用的部份变得乾枯；如果真的保存过久，牛蒡已经风乾枯萎了，不妨先放在水中一段时间后再行烹调。此外，你也可以将牛蒡煮熟后分装在塑胶袋中，再放入冷冻库中保存，如此不但能延长保存期限，烹调时也只需解冻即可使用，十分快速方便。