目前，转基因食品的安全性考证已陷入了一个怪圈：既没有人能证明它安全，也没有人能证明它不安全。
转基因作物是否存在潜在危害，科学家目前还不能提供出确凿证据，但是他们的担心也决不是杞人忧天。在试图改变生物链结构方面，人类没有任何经验，因此，无论多么小心谨慎都不为过。
近百年来，传统杂交技术是人类生产高产优质粮食、蔬菜、水果及肉禽蛋的主要方法。尽管杂交也是一种简单的基因置换，但它们却仅限于在近亲物种间进行，因而其安全性相对较高。
和传统杂交不同，转基因技术用来改造食品的基因，通常来源于完全无关的物种，很多还是人类绝少食用的物种，例如蝎子、蛾、细菌、病毒和老鼠等。常见的做法是，将蝎子的基因植入玉米，使玉米产生毒素来抵御虫害；或者将人的基因植入鱼类，使鱼能提供更接近人类的蛋白质。
这些作物遗传性状的改变，极有可能会影响人体细胞内蛋白质的组成，使得蛋白质的成分浓度发生变化或生成新的代谢物，最终可能会在人体内产生有毒物质或新的过敏源，引发致命疾病。甚至有科学家怀疑，这些转基因会漂移到人体内部，造成无法想象的恶果。
此外，转基因作物对大自然的影响目前也不得而知。已有教训表明，任何进入新环境的外来物种，都有可能会在当地引发一场生态浩劫。例如，北美曾从德国引入一种黑樱桃树，之后便导致当地的原有稀有树种灭绝；非洲把尼罗河鲈鱼引进维多利亚湖后，也使原居鱼类的数量大幅减少。
转基因作物的商业化过程只经历了不足10年的时间，然而，转基因生物对环境及人体健康的影响可能需要20年、50年甚至是100年才能被发现。
转基因作物一旦进入自然生物链，其人造的特性和缺陷就会无休止地流传下去，永远无法被控制或被收回，这种对大自然的破坏是不可逆的。