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高效液相色谱仪分析中保留时间不重现有保留时间漂移和保留时间波动两种情况。前者是指保留时间仅沿单方向发生变化，后者指保留时间无固定规律的波动。保留时间漂移的原因有色谱柱平衡、固定相流失、色谱柱污染、流动相组成变化、流动相污染和疏水坍塌等。事实上，保留时间漂移往往是由色谱柱老化引起的。
一、色谱柱平衡：
高效液相色谱中保留时间发生漂移，首先应考虑色谱柱是否已用流动相完全平衡。通常平衡需要10～20倍柱体积的流动相，但如果在流动相中加入少量添加剂（如离子对试剂），则需要相当长的时间平衡色谱柱。
二、固定相流失：
固定相的稳定性都是有限的，即使在推荐的pH值范围内使用，固定相也会慢慢水解。例如硅胶基质在pH = 4时水解稳定性最好。
固定相水解速度与流动相类型和配体有关。双官能团配体和三官能团配体比单官能团配体的键合相稳定，长链键合相比短链键合相稳定，烷基键合相比氰基键合相稳定的多。
经常清洗色谱柱也会加速固定相水解。
三、色谱柱污染：
高效液相色谱柱是非常有效的吸附性过滤器，它可以过滤并吸附流动相携带的任何物质。污染源可以是流动相本身、流动相容器、连接管、泵、进样器、密封垫和样品等。通常通过实验可判断污染来源。
如果样品中有在色谱柱上保留很强的组分，这些组分可能是使保留时间漂移的潜在根源，根源通常是样品基质，可以通过固相萃取等样品前处理除去样品基质。通常样品中强保留组分的分子量较高，保留时间漂移的同时或其后，反压会增加。
一、色谱柱平衡：
高效液相色谱中保留时间发生漂移，首先应考虑色谱柱是否已用流动相完全平衡。通常平衡需要10～20倍柱体积的流动相，但如果在流动相中加入少量添加剂（如离子对试剂），则需要相当长的时间平衡色谱柱。
二、固定相流失：
固定相的稳定性都是有限的，即使在推荐的pH值范围内使用，固定相也会慢慢水解。例如硅胶基质在pH = 4时水解稳定性最好。
固定相水解速度与流动相类型和配体有关。双官能团配体和三官能团配体比单官能团配体的键合相稳定，长链键合相比短链键合相稳定，烷基键合相比氰基键合相稳定的多。
经常清洗色谱柱也会加速固定相水解。
三、色谱柱污染：
高效液相色谱柱是非常有效的吸附性过滤器，它可以过滤并吸附流动相携带的任何物质。污染源可以是流动相本身、流动相容器、连接管、泵、进样器、密封垫和样品等。通常通过实验可判断污染来源。
如果样品中有在色谱柱上保留很强的组分，这些组分可能是使保留时间漂移的潜在根源，根源通常是样品基质，可以通过固相萃取等样品前处理除去样品基质。通常样品中强保留组分的分子量较高，保留时间漂移的同时或其后，反压会增加。
四、流动相组成变化：
流动相组成的缓慢变化也是保留时间漂移的常见原因，如流动相中易挥发组分的挥发和循环使用流动相等。
五、流动相污染：
溶于流动相中的少量污染物可能慢慢富集到色谱柱上，从而造成保留时间漂移。
注意：水是很容易污染的流动相成分。
六、疏水坍塌：
当小孔径和端基封口良好的反相色谱柱使用接近100%的水为流动相时，有时会发生分离突然丧失、样品保留明显降低或完全不保留，此现象称为疏水坍塌。
