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清洗就是把工厂和加工设备的污物去掉。“污物”确切地说是存于食品接触表面为细菌生长所需的营养物质，包括脂肪、碳水化合物、蛋白质和矿物质。消毒是在清洗之后，用消毒剂破坏微生物的繁殖体，，进而减少其它微生物的数量。但要切记设备未经“清洗”，消毒剂时不能发挥作用的。
一般而言，有两种清洁方式，即人工和现场清洁(CLEAN-IN PLACE)。人工清洁不只是意味着一把刷子和水桶，包括选择正确的清洁器材和适用机械清洁方式以去除食品接触表面的污物，还包括发泡剂等。没有合适的清洗设备，只用刷子和人工很难清洗许多加工设备。
现场清洁体系是通过使用循环清洁管子和设备进行清洗和消毒的方式。设备不能轻易拆开，但现场清洗要确实。在使用清洁设备之前，必须去掉食品碎屑，否则就会降低清洁的有效性。
要去除污物，必须具有充分的水源供应。理想的水源供应是无微生物、中性pH值和低矿物成份。一些加工厂可能必须对水加以处理才能使水质达到要求。清洗消毒用水最好包括热水和冷水，而且压力较大。对人工清洗来说，热水的温度应最低82℃或更高。然而需要注意的是当温度超过50℃可能导致一些蛋白质和其它污物变性而粘到在要清洁的表面。水温合适有助清洁剂去除脂肪、碳水化合物、蛋白质和矿物质。清洗每种污物对清洁剂的有效性都是挑战，清洗的对象不同，用的清洗剂不同。
碱/氯碱：脂肪、蛋白质、碳水化合物
酸：矿物质
清洁剂在清洁中有几种辅助功能。一些是降低水的硬度，另外可以结合水中的金属离子，增加湿度能力，或乳化脂肪。例如，使用碱或氯碱清洁剂以去除脂肪、蛋白质和碳水化合物，用酸性清洁剂以可降低矿物质等等。重要的是，查看标签说明并验证此清洁剂是去除污物的。
清洁程序：
清洗
冲洗
消毒
三个间隔的洗涤槽用于清洗、冲洗和消毒。第一个洗涤槽用于清洗设备，是清洁剂使用之处。清洁剂的作用是松散并去除固态物体和微生物。为达到清洁剂的全部效果，使用机械清洁也是很重要的。第二个洗涤槽装满清水，用于冲洗清洁剂和那些被清洁剂松散的固态物体，其影响消毒效果。第三个洗涤槽是用于消毒的。
消毒方式：
化学剂
加热
辐射
基本上有三种方式来消毒：化学剂；加热；或辐射。因为辐射在加工厂环境下对于设备消毒不现实，只有加热和化学剂消毒是可讨论的。
化学消毒方式是最普遍的消毒方式。有四种：氯、碘、季铵和酸。氯是最普遍的，但碘、季铵或四价化合物及酸也常用。能影响消毒剂作用的因素包括时间、pH值、温度和水的硬度。
对pH值，一般说消毒剂的有效性随pH的增加而增长。除了四价化合物，对碘、氯和酸性消毒剂来说，对所有的消毒方式，温度越高，消毒就越有效。在较高的温度下氯和碘作为气体开始由消毒剂解决方式脱离出去。加热能加速化学反应，降低表面张力。
每一种消毒剂最低有效性是不同的，可根据说明使用。
氯是最广泛使用的消毒剂。氯在下列接触时间和水温时最有效。
49℃或更高：25ppm氯的接触时间为10秒。
37.7℃和49℃之间，50ppm氯需7秒钟。
37.7℃以下：100ppm氯需10秒钟。
碱性高的水（指pH10.0以上）这些数值有的可能改变。
碘要求12.5ppm浓度溶液要有效条件为最低24℃水温和30秒的接触时间。
季铵要求150-400ppm的溶液有效条件为最低24℃的水温和30秒的接触时间。水的硬度可能影响四价化合物的消毒剂。在使用此消毒液之前应知道水的硬度。
最低溶液浓度 最低温度 最少接触时间
氯25ppm 49℃ 10秒
氯50ppm 37.7℃ 7秒
氯100ppm 12.7℃ 10秒
碘12.5ppm 24℃ 30秒
季铵150-400ppm 24℃ 30秒
摘自1997年食品法典，下列标准也适用。
上述介绍：碱溶液的pH值为10或更低，碘的pH值为5或更低。加工者应按照消毒液的说明书进行使用。
每一种化学消毒剂都有利之处和缺点。例如碱，价钱便宜且对所有病原体繁殖体有效；不利一面是它容易被固态物体钝化能腐蚀设备。在高温下不稳定，能转换为气体自消毒溶液中排出。
碘在很大的温度范围内是有效的，不刺激皮肤，且溶液的浓度由其颜色显示。然而，它能使白墙褪色，在高温下不稳定，易腐蚀，也比碱性消毒剂更贵。
四价化合物（季铵）即使有较大的物质存在也也有消毒效果，能与清洁剂合用。但它们对革兰氏阴性的病原体无效，如在水产品加工设备常发现，在硬水中消毒效果减弱。
酸性消毒剂是非腐蚀性的，对病原体繁殖体有效。然而，要求较长的接触时间，并在高于3.0的pH值时可能无效。
化学剂 优 点 缺 点
氯 不昂贵 被有机物灭活
杀死任何类型的微生物繁殖体 有些腐蚀作用
通常不要求漂洗 在高温下不稳定
碘 不昂贵 可能使白墙着色
浓度可据颜色而定 在高温下腐蚀
在宽的温度范围内有效 与氯相比要求漂洗更昂贵
对皮肤无影响 在高温下不稳定
季胺化合物 对有机物有抵抗性 硬水可降低其效果
能与清洁剂混合 在应用后有一些残留效应
酸 无腐蚀作用 要求长的接触时间
杀死繁殖体 在pH3.0以上可能失效
清洁剂药力应经常检查，由于其浓度发生了变化。最通常使用的测试方法是检测颜色变化的试纸，它可以通过与标准色比较提供清洁剂的浓度水平。不同类型的试纸必须用于每一类型的清洁剂，清洁剂必须与试纸相匹配。
热清洁剂：湿热和干热都可用作工厂的有效清洁剂。如果用于加热，加热最低浓度和暴露时间必须对清洁有效。例如：如果用蒸汽，最低温度应为93℃ 5分钟，但如果用水，温度根据应用必须至少76.6℃ 5-20分钟。如果用干热，最低温度是82℃20分钟。
清洁剂加热
介质 温度 时间
蒸汽 93℃ 5分钟
水 76.6℃ 5—20分钟
干热 82℃ 20分钟
热水通常用作清洁剂，尤其在食品服务操作中，象洗碗机、大型操作用大型多层箱输送清洗机器。输送带把盘子通过清洗、漂洗、消毒箱，在清洗步骤中用热水。适宜的清洗意味着被消毒的器具温度至少要加热到71℃，在器具中建立的加热一部分要通过65.5℃左右的清洗和漂洗喷雾。
通常，进入消毒喷雾机的水必须至少82℃，固定的架子除外，单个温度机械上最低清洗温度为74℃，使器具的温度升到65.5℃或更高。
另一个重要因素是喷雾的压力，太大的压力，使水滴雾化而导致其到达器具之前冷却太快。另一方面太小的压力可能导致形不成喷雾，通常每平方英尺15-25磅的压力工作最好。
清洁频率
对不同类型的设备清洁频率是不同的。例如，切板必须每四小时被清洗消毒，在细菌能繁殖到危险水平之前必须去除它们。切板也需在不同用途时被清洁以避免交叉污染。例如，如果切板首先用于生的产品，那么在它们用在蒸煮的即食产品时，必须被清洗和消毒，为防止交叉污染，锅、盘和其他处理食品的设备，其含有生的产品或含有蒸煮的产品，在再次使用它们之前，必须清洗和消毒。
交叉污染也能发生在不同的生的食品之间。例如，在切板上切生的禽肉后，在切生的牛肉之前必须清洗和消毒。那是因为可能蒸煮牛肉的温度比必须杀灭来自鸡上的额外污染更低的缘故。
四小时的规定不一定能用在各种情况。例如，在预冷间的设备，不需经常清洗。一天一次就可以，因为细菌在较冷的温度下生长的慢。
清洁和消毒设备的贮藏也很重要。必须贮藏干燥的地方，避免再污染。
泡沫清洁用于清洗不能移到清洗槽的大型设备。泡沫清洗剂，含有清洁剂，用于来自“喷雾枪”的低压下。泡沫粘在设备表面而使灰尘疏松，当泡沫设备被漂洗后会去除清洁剂和灰尘。在一些情况下消毒喷雾可以用作漂洗。
CIP清洁：CIP也用于清洁消毒具有装配钳、焊接管道、运输槽和单一种类贮存槽的管道。CIP体系清洗的焊接过的管道和大容积的槽由设备制造商、食品产业确定。然而设备需以一种可提供检查的方式构筑。CIP体系设计得使化学清洁剂溶液、清水和消毒剂在所有的食品接触表面循环。最低流速是大约5英尺/秒，设备的一些零件、阀门和必须从设备上定期的卸下并清洗。
CIP清洗的一个好的实例是牛奶的巴氏杀菌体系。管道及用于推动在这些体系中的清水、清洗和消毒溶液的附加阀门必须重新安置。在连接之后，设备应浸入大约49℃的高温水浴。浸泡持续到用于冲洗的水在流水线的终端变得清晰。然后，清洁剂在预先调好的时间和温度下循环使用以确保污物的清除。清洁剂之后用清水，有时也以酸性溶液代替，酸性溶液是去除形成的水垢。酸性溶液之后再用清水冲洗。在冲洗之后，是消毒体系。我们所提到的任意的消毒剂都可使用。多数加工厂使用82℃或以上的热水，其循环使用5分钟。另一通常的用于CIP体系的消毒方式是蒸汽，主要用于奶业加工厂，最低需要15分钟，而水滴的温度应达到76.6℃
