化肥、农药本来是农业的科技进步，但是农业却走向滥用化肥、农药的极端，污染了环境，破坏了生态。生态学家为了�；ど傅寂┮�，提出“生态农业”的模式。“生态农业”就是保护生态的农业。只要不影响生态，合理施化肥以提高产量，合理使用高效低毒的农药控制害虫暴发，都是允许的。但是，许多生态学家主导的生态农业往往走向了另一个极端，声称不施化肥、不打农药、不使用任何化学合成的物质，以确保生态。这其实是有机农业，是把生态农业与有机农业混为一谈。我国对有机农业也是倡导的。
蒋高明也把生态农业和有机农业混为一谈，他认为只有生态农业才能解决中国的农业问题。有两篇文章，可以视为他的代表作。
一篇是《未来的生态农庄》。他说：化肥、农药、除草剂、塑料薄膜、饲料添加剂、转基因是农业的“六大要素”，也是“六大害”，不仅污染环境，也夺走了农民的利润；如果搞生态农业，省却购买这“六大害”的钱，农民的利润就可增加6倍。如此算账，不能让人信服。
第二篇是《和谐型有机农业大有可为》。说的是：北京顺义区绿牛农庄占地80亩，实行有机种植、有机养殖，供应城市里的高消费；所产有机蔬菜销售实行会员制，会员17个，都是白领和老外，每个会员一年会费1.6万元；还开了个有机西餐厅，价格不菲；由此，农庄每年可赚几十万元。蒋高明据此设想：我国年产7亿吨秸秆，如果充分利用起来，可以生产5400万吨有机牛肉供应城市；我国有60亿亩草原，鸡可以在草原散养，1亩草原上的草籽、草叶、昆虫能够满足1只鸡的生存，可以年产60亿只有机鸡供应城市；肉粮折算，等于全国粮食在现有基础上提高37%，没有任何一项农业技术能够达到如此高的增产效果。
蒋高明就是这样以“纸上谈兵”的方式，用生态农业解决了中国的农业问题，而转基因本身有那么多问题，所以他反对转基因。
蒋高明有一篇《转基因棉退化说明了什么》，从中可以看出他认为的“转基因本身有那么多问题”其实是他对农业和转基因的无知。文章说的是：江苏省大丰市种植转基因棉花的头几年，农药使用量下降，种植成本下降，亩产量上升，媒体和农学家盛赞转基因的好处�？墒牵镁安怀�，到了第5年，控制了棉铃虫，其他“小害虫”却集中大暴发，用药量反而猛增，棉花纤维质量也下降，皮棉占籽棉的比率也下降。对此，蒋高明解释为：转入的基因干扰了棉花正常的生长发育。
对此，任何一个农艺师都会否定蒋高明的解释而做出如下解释：
1.棉铃虫是棉花的主要害虫，转入的基因就是抗棉铃虫的基因，这个基因产生一种蛋白质，分布在蕾、花、铃、叶内，棉铃虫吃了就会被毒死，却对其他害虫无毒。所以，转基因抗虫棉只可以省却防治棉铃虫的农药，不可以省却防治别的害虫的药。棉农以为转基因抗虫棉抗一切害虫，便不再打药，或打药很少，一年复一年，“小害虫”越积累越多，于是便有“控制了棉铃虫，其他‘小害虫’却集中大暴发，用药量反而猛增”的情况。
2.基因决定性状，转入的抗棉铃虫的基因与棉花纤维质量、皮棉占籽棉的比率没有任何关系。皮棉、纤维退化是正常的退化，常规棉花也会发生这种退化，原因在于棉花的天然异花授粉率在5%以上，所以容易退化，而小麦的天然异花授粉率在1%以下，所以不容易退化。所以小麦可以留种，而棉花不可以留种，必须年年提纯复壮，年年换种，否则就退化，不仅皮棉、纤维会退化，转基因也会退化，一切性状都会退化。
3.如果像蒋高明解释的那样，是“转入的基因干扰了棉花正常的生长发育”，那么头几年棉花纤维质量以及皮棉占籽棉的比率为什么不下降呢？
4.转基因抗虫棉不是一个独立的品种，是给现有的棉花品种转入抗虫的基因，全国约有几十个棉花品种被转入了抗虫基因，这几十个品种分布在全国各地，它们的抗虫性状以及各种性状是有差别的，某地好一些，某地差一些，很正常。但是全国转基因抗虫棉一直保持在几千万亩，这说明它在总体上是优越的。
蒋高明不懂农业，不懂转基因，却批判转基因，也被主流报纸和网民批判，他以《我对转基因的真实态度》回应：
第一，转基因技术一定要研究，如果应用，则需要时间来检验。
第二，粮食问题的真正原因，不是种子不争气，而是农民不愿意种地，另外，耕地质量因为长期使用化肥、农药、除草剂、地膜，出现了地力严重下降。
第三，转基因只能抗一种害虫，防治其他害虫依然要使用农药，而且长期种植转基因作物会引起生态环境的变化。
第四，用生态学的办法恢复生态平衡，不打农药，就可控制害虫，实现低产田向高产田转变。
这是他重申“用生态农业解决中国农业问题”的观点，而他的观点产生于他的仅仅20亩的生态农业试验田，却要指导18亿亩耕地。
实际上，生态农业或有机农业的有机农产品一般产量较低，价格较高，市场较小，可满足崇尚有机且收入较高的小众群体的需要。全世界平均，有机农业约占1%的耕地，却占10%的销售额。要解决13亿人吃饭问题，要解决70亿人吃饭问题，还是离不了化学农业，当然，化学农业也需要生态农业来修复。
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