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食品生产与加工过程中“微污染源”很多，如何防止食品被污染乃是一重要课题。霉菌作为微污染源中的一种，如果不加以控制势必会直接影响到产品保质期（长短）。应如何控制霉菌污染？
一、食品生产车间的温湿度控制
控制生产车间的温度和湿度，温度在24度以下，湿度在55％以下，因为过高的温湿度会促进霉菌的生长。
必要时应装设有效的换气设施，班中每2小时用风机及时将含有大量水分的空气排出车间，以防止室内温度过高、蒸汽凝结或异味等发生。
二、食品无尘车间的化学处理
酒精喷雾消毒是制造食品时防止霉菌与细菌污染常用的方法， 每天班前、班后对车间内部墙壁、风机、下水道、案面、手部、围裙套袖、墙壁、下水道实施75%的酒精或消毒剂喷洒，杀灭霉菌。
对于车间环境的天花板、壁面与地板等， 为防止霉菌污染， 应采用防腐蚀、抗霉菌与防止结露的施工及材料。
三、食品厂净化车间紫外线照射或臭氧处理
人员的工作服、更衣室等，必须保持卫生清洁，定期清洗和进行紫外线或臭氧杀菌30分钟以上，防止人为造成霉菌的交叉污染。
紫外线对霉菌孢子的杀菌效果有限时，可适当配合酒精喷雾等方法进行处理。
四、洁净室系统
在食品工厂内的加热后放冷至包装阶段，为最需防止外部浮游菌侵入和落菌的污染，设置洁净室，利用空气导入设施，将可达到空气洁净化， 减少污染。
五、食品生产车间的卫生控制
首先要保持食品厂车间净化内部工具的清洁和卫生，注意对一些卫生死角进行严格的卫生清理和保持（每半月实施一次深度清洁）。
即管理者与操作人员应具有卫生观念， 随时注意操作的卫生与减少污染的可能性 , 必须从加强员工卫生教育着手。
