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绿色食品认证作为一项认证机构自行设立的认证制度，对其监管的依据是其自身相关制度，如《绿色食品标志管理办法》，重点主要是认证标志的使用。在对绿色食品认证的监管中应注意区分认证机构的认证行为和地方农业行政部门的行政行为。
1．对认证标志的监督
在绿色食品标志使用过程中，经常出现以下几种常见违规现象，需要在监督检查中加以重点关注：
伪造、冒用、转让和非法买卖认证标志的；
在超出认证机构认证证书允许产品品种以外的产品上使用认证标志的；
超出认证机构认证证书有效期使用认证标志的；
绿色食品标志没有编号或号码与实际产品不符的。
2．对企业的监督
对企业的现场监督检查主要分为对认证活动的规范性检查和获证产品的符合性检查。
（1）认证活动规范性检查
查看检查计划，关注：现场检查时间是否在申请认证的产品生产或加工过程的适当阶段；检查人员是否具有相应专业资质；
查看认证报告，关注：检查组是否开具了不符合项，并对企业的纠正情况实施了跟踪验证；企业是否对开具的不符合项进行了纠正和采取纠正措施；
（2）获证产品符合性检查
查看产地检测记录，关注：是否对产地空气、灌溉用水以及土壤等进行了检测；是否按照标准规定对所有项目进行了检验；检测结果是否符合标准要求；应特别注意未经抽样检测的企业是否符合免于抽样条件。
查看产品检测记录，关注：是否按照标准规定对所有项目进行了检验；检测结果是否符合标准要求；
看农药使用记录，关注是否使用了禁止使用的农药以及允许使用的农药是否按照标准所规定的次数进行使用；
查看肥料使用记录，关注是否符合《肥料使用准则》。
（3）标志使用监督
主要是查看企业是否对标志的使用有专人管理和出入库登记等。
3．对认证机构的监督
由于绿色食品认证机构为农业部绿色食品发展中心，其具体工作依托各省市绿色食品办公室或专门机构进行，对绿色食品发展中心及其分支办事机构进行现场监督检查，应与农业部门加强沟通联络，着重于对认证活动的规范性的检查，重点关注是否符合其自身制订的各项认证程序和要求。
（三）监督检查技巧
在监督检查工作中，可以通过两种方式获得该产品的绿色食品认证信息：
1．登陆国家认监委“中国食品农产品认证信息系统”进行查询；
2．登陆中国绿色食品网（www.greenfood.org.cn）上查询相关信息。
