指实现免疫功能的器官和组织。主要包括胸腺、法氏囊或类囊器官、骨髓、淋巴结、脾脏、扁桃体、阑尾及肠集合淋巴组织等。因这些器官的重要成分是淋巴组织，故又称为淋巴器官。它们的免疫功能是能产生淋巴细胞、滤过淋巴液或血液，参与免疫应答。机体内，除了上述有被膜包裹着、有一定形态的免疫器官外，还散布着许多无被膜的淋巴组织，它们主要分布在消化道和呼吸道粘膜，在免疫中也起着重要的作用。根据免疫器官发生和作用的不同，通常把它们分为中枢免疫器官和周围免疫器官。
中枢免疫器官 又称中枢淋巴器官。是对免疫应答的发生起决定作用、能左右机体实现免疫应答功能的器官，主要包括胸腺（所有的脊椎动物）、法氏囊（鸟类）及类囊组织，如骨髓等。发生在胚胎期早期，为淋巴样上皮结构。来自骨髓的原始的淋巴干细胞在中枢免疫器官中接受激素或激素样物质的刺激，或由于这些器官所提供的微环境，最终分化、成熟为具有免疫活性的细胞——T细胞和B细胞。T细胞和B细胞一旦形成，就被输送到周围免疫器官中。
周围免疫器官 又称周围淋巴器官。包括淋巴结、脾脏及肠道相关淋巴组织等，在胚胎发育过程中出现比中枢免疫器官迟。其淋巴细胞是由中枢免疫器官迁来。因此可以说，周围免疫器官是免疫活性细胞定居及增殖的场所，也是这些细胞产生抗体及发育成致敏淋巴细胞以及发挥免疫应答的重要部位。中枢免疫器官对周围免疫器官的发育起着主导作用。中枢免疫器官的缺损将严重影响免疫应答。