染色体中连接两个染色单体, 并将染色单体分为两臂: 短臂(p)和长臂(q)的部位。由于此部位的染色质较细、内缢, 又叫主缢痕(primary constriction)。此处DNA具高度重复, 为碱性染料所深染。着丝粒有两个基本的功能∶在有丝分裂前将两条姐妹染色单体结合在一起，第二个功能为动粒装配提供结合位点。着丝粒含有结构性异染色质, 人的染色体着丝粒含有大约170碱基对的重复DNA(称为α卫星DNA), 随机重复的次数达2,000到30,000次。