从一个受精卵发育为成体动物，受一系列基因调控的结果。这些基因在发育过程中，按照时间、空间顺序启动或关闭，对胚胎细胞的生长与分化进行调节。胚胎中一些发育事件在时间上受到精确的调控。有些基因在细胞分化的时间体调控中起决定作用，这类基因叫时间基因（chronogene）。受精卵经过卵裂形成胚盘（blastoderm），此后胚盘细胞便定向地向不同成体结构方向发展。果蝇在胚胎发育中，到胚胎晚期发育出体节，发育成幼虫，幼虫的体节发育为成虫体节，在体节分化过程中，体现出基因在空间上的调控。
细胞中的基因并不都与细胞分化有关，按照基因和细胞分化的关系，把基因分为两类。一类是奢侈基因(luxury gene)，与各种分化细胞的特殊性状有直接关系；另一类是管家基因(house keeping gene)，是维护细胞最低限度功能所不可缺少的基因。细胞分化主要是奢侈基因中某种或某些特定基因选择性表达的结果，导致产生一种类型的分化细胞。动物胚胎发育过程中的细胞分化，是由于基因各自表达的结果。每个受精卵都是全能的，即包含有整套的遗传信息。基因表达是通过转录和转录后过程完成的。转录后主要包括hnRNA加工或mRNA和mRNA翻译成蛋白质的过程。转录水平起主导作用。