一般说来应用DNA芯片进行实验包括5个过程：生物学问题的提出和芯片设计；样品制备；生物杂交反应；结果探测；数据处理和建模。
1．样品制备。一般所需mRNA的量是以一张表达谱芯片需要3μg mRNA计算的
不同组织抽提3－10μg mRNA所需组织量
|
|
器官/组织* |
提取3μgmRNA所需组织量(克) |
提取10μgmRNA所需织量(克) |
总RNA得率[单位:毫克RNA/克组织] |
mRNA所占百分比[%] |
|
成人正常组织 |
肝 |
0.2083 |
0.6944 |
1.80 - 1.80 mg/g |
0.80 |
|
成人正常组织 |
脑 |
缺数据 |
缺数据 |
1.30 - 1.30 mg/g |
缺数据 |
|
成人正常组织 |
肺 |
0.3000 |
1.0000 |
1.00 - 1.00 mg/g |
1.00 |
|
成人正常组织 |
心 |
0.5000 |
1.6667 |
0.60 - 0.60 mg/g |
1.00 |
|
成人正常组织 |
胃 |
0.1852 |
0.6173 |
2.70 - 2.70 mg/g |
0.60 |
|
成人正常组织 |
喉 |
0.3125 |
1.0417 |
1.20 - 1.20 mg/g |
0.80 |
|
病理组织 |
结肠癌 |
0.2521 |
0.8403 |
1.70 - 1.70 mg/g |
0.70 |
|
病理组织 |
胃癌 |
0.4317 |
1.4388 |
0.50 - 0.50 mg/g |
1.39 |
|
病理组织 |
空肠腺癌 |
0.3571 |
1.1905 |
1.40 - 1.40 mg/g |
0.60 |
|
病理组织 |
直肠癌 |
0.1604 |
0.5348 |
1.70 - 1.70 mg/g |
1.10 |
|
病理组织 |
肝癌 |
0.1116 |
0.3720 |
3.84 - 3.84 mg/g |
0.70 |
|
病理组织 |
肺癌 |
0.1282 |
0.4274 |
2.00 - 2.00 mg/g |
1.17 |
考虑到个体差异以及样品在研磨、匀浆等过程中的损失，客户提供的样品量应在上述基础上增加1-2倍。
2 样本采集过程关键点．
组织标本采集操作建议规程,(取标本所需关键器材和处理要求 )
|
铝箔 |
经DEPC水浸泡过夜，78°C烘干，高压灭菌后烘干 |
|
1.5 ml 微离心管 |
市场有售RNAase-Free的相应规格离心管 |
|
标签纸 |
|
|
记号笔 |
|
|
样品登记表 |
由客户指定专人填写 |
|
液氮罐 |
应常备液氮罐，并保证液氮的来源 |
|
取材部位的病理切片 |
由客户提供1-2张 |
注：
· 以下步骤1 － 5应在冰上进行且不超过15分钟，超过时间会导致样品的RNA降解。
· 对肿瘤组织的取材，要求尽可能准确地判定肿瘤和正常组织，例如对于手术切除的整个或部分前列腺，可能要根据冰冻切片报告的结果来判定要进行研究的取材部位。
1 离体新鲜组织，切成多个1cm3小块，剔除结缔组织和脂肪组织。胃、肠组织应剪除外膜；肝、肾、脾应剪除门部血管神经，肿瘤组织应将周围的正常组织切除干净（正常组织也应将周围的肿瘤组织切除干净）。
2在RNase-Free 0.9％生理盐水中漂洗样品，以去除血渍和污物。
3 用铝箔包裹组织，或用5ml冻存管装载组织(但最好统一采用铝箔)。用记号笔在铝箔或冻存管外表写明样品编号，并贴上标签，迅速投入液氮冷却。
4 填写样品登记表，写明样品名称、种类、编号、取样日期、样品处理情况等
将液氮冷却的组织放入样品袋（每个样品袋只保存同样的组织），袋口留一根编号绳，绳上粘一张标签纸（标签上注明：样品名称、编号、日期），迅速转入便携式液氮罐
5 保留1-2张取材部位的病理切片。
