用放射性同位素或非放射性化学物质标记探针(待克隆的基因或cDNA的一段同源序列)，同文库的细菌克隆或噬菌斑作核酸分子杂交，经放射自显影或显色反应后，可以筛选出含有同探针互补序列的细菌克隆或噬菌斑，然后分析这些重组载体中所插入的DNA片段或cDNA，最后分离出所要的基因或cDNA。 在克隆cDNA时，还可应用噬菌体载体λgtll构建cDNA文库，这种载体可使插入的cDNA分子翻译产生蛋白质。此时，可用某一蛋白质免疫动物得到抗体并标记上同位素或化学物质后用作探针，即用蛋白质作为探针去筛查cDNA文库，如果这种抗体能同cDNA文库中某个噬菌斑产生抗原—抗体结合反应，则这个噬菌体载体中插入的cDNA所编码的就是用作抗原去免疫动物的蛋白质，也就是探针探查的目的基因。