反向PCR在研究转座因子、反转录病及其他 能与基因组DNA整合或易位的DNA序列中有许多重要应用。这些应用包括序列的易位、 转座和基因融合，其中之一是已知序列，例如癌基因或免疫系统的基因组成。在所有 这些情况中，如已知序列插入未知序列或与未知序列并列，反向PCR可用于测定未知 边侧序列。反向PCR的主要优点是简单快速，可以研究许多独立克隆。其某些应用适 合于临床诊断。
　　反向PCR的局限之一是由未知边侧序列性质引起的，需用几种酶试验以选择产生 大小合适的片段的内切酶。另一局限是许多常用内切酶也在不适当位点裂解载体序 列。但一旦确定合适的内切酶，反向PCR方法是直接了当和可靠的。
　大多数真核基因组含大量中度或高度重复序列，YAC或科斯粒中未知接点序列有时也 包括这些序列。通过反向PCR扩增得到的探针可与许多基因组序列杂交，但它们在用 于染色体的步查或跳查方面会受到限制，在这种情况下，需要进行亚克隆。