琼脂糖凝胶电泳可用于分离、鉴定和提纯DNA片段。本法操作简单、迅速，能分辨其它方法不能分开的DNA片段混合物，分开的DNA可用低浓度的萤光染料（0.5μg/ml溴化乙锭）染色，在紫外灯下直接观察检测少至1ng的DNA。
DNA通过琼脂糖凝胶的迁移率取决于以下参数：
①DNA分子的大小
线状双链DNA分子通过凝胶的速率与其分子量的常用对数成反比。据此用已知分子量的标准物质和待测分子量的DNA片段同时电泳，比较其电泳速率，即可求出待测片段的分子大小。
②琼脂糖浓度：
给定大小的DNA片段，以不同速度通过不同浓度的琼脂糖凝胶。因此利用不同浓度的凝胶，可分辨范围广泛，大小不同的DNA片段。
③DNA构型
相同分子量的闭环（Ⅰ型），开环（Ⅱ型）和线状（Ⅲ型）DNA，以不同速率通过凝胶，一般情况下，迁移率Ⅰ型>Ⅲ型>Ⅱ型。
④应用的电压
在低电压时，线状DNA片段的迁移率与所用电压成正比。但是电压增高时，大分子量DNA片段迁移率的增大是不同的，因此琼脂糖凝胶的有效分离范围随电压增大而减小。为了获得DNA片段的最大分辨力，凝胶电泳时电压不应超过5V/cm。