用流式细胞计分选特定的染色体，基本过程与细胞分选相似。不同的是，要用带有荧光标记的DNA探针同特异染色体结合，使待分选的染色体带上标记。在染色体分选中，使用的探针是同所感兴趣染色体互补的寡聚核苷酸，这种探针也可同荧光染料偶联。将结合有荧光染料的探针同染色体一起温育，使探针同特异染色体杂交，形成稳定的杂交体，这样染色体就被带上了荧光标记，稀释后送入流式细胞计的流室，然后与细胞分选过程一样将特异的染色体分选出来。