药膳的主要原料之一是中药。目前临床应用的5 000多种常用中药中，有五百余种可作为药膳原料。如冬虫夏草、人参、当归、天麻、杜仲、枸杞子等。这些药物在与食物配伍、炮制和应用时都需要遵循中医理论，使它们之间的作用互相补充、协调，否则就会出现差错或影响效果。因此，中国传统医学对药膳应用有严格的禁忌。
药膳的药物配伍禁忌，遵循中药本草学理论，一般参考“十八反”和“十九畏”。“十八反”的具体内容是：甘草反甘遂、大戟、海藻、芫花；乌头反贝母、瓜蒌、半夏、白蔹、白芨；藜芦反人参、沙参、丹参、玄参、苦参、细辛、芍药。“十九畏”的具体内容是：硫磺畏朴硝，水银畏砒霜，狼毒畏密陀僧，巴豆畏牵牛，丁香畏郁金，川乌、草乌畏犀角，牙硝畏三棱，官桂畏赤石脂，人参畏五灵脂。
以上配伍禁忌，可作为用药参考，但非绝对如此。在古今配方应用中也有一些反畏同用的，如党参与五灵脂同用可以补脾胃、止疼痛，这些必须要在有经验的临床医师的指导下应用。