土壤是蔬菜的根系环境，也是多种病原菌的越冬场所。在正常情况下，土壤中的病原菌和大量的有益微生物保持一定的平衡。棚室栽培的蔬菜种类比较单一，栽培面积有限，轮作倒茬困难，连作不可避免。由于蔬菜根系分泌物和病根残体在土壤中逐渐积累，使土壤微生物逐渐失去平衡，病原菌数量不断增加，诱使病害发生。棚室土壤比露地土壤受光照少，温度和湿度较高，病原菌增殖迅速，生产中又缺乏抗病品种，土传病害随连作年限增加而加重，如新建棚室发生瓜类枯萎病后若不及时采取有效防治措施，一般从零星病株到普遍发病只需4～5年时间。在大型连作温室中，果菜类根结线虫病只需3～4年，病株率就可达100%，减产50%以上，严重威胁多种蔬菜生产。

多种病原菌随病残体在土壤中越冬，成为翌年的初浸染源，是蔬菜病害发生流行的重要环节。露地环境条件下病菌死亡率高，在蔬菜生长季节才能浸染，发病迟，危害轻，有的病害只在局部地区季节性流行。但在棚室栽培条件下，病菌既可安全越冬，又能周年发生，已成为发展棚室蔬菜生产的大敌。如瓜类蔬菜炭疽病、细菌性角斑病、蔓枯病，黄瓜、辣椒、韭菜疫病，番茄早疫病、叶霉病，豇豆和菜豆锈病，芹菜斑枯病，多种蔬菜菌核病、草莓灰霉病、草莓白粉病等。此外，引起菜苗猝倒病、立枯病的病菌，既能在土壤中越冬，又能营腐生生活，故常在老育苗地的苗床上严重发生，甚至毁苗，延误农时。

地下害虫如蝼蛄、地老虎等，也因棚室和苗床土壤温暖、潮湿、疏松肥沃而发生早、数量多、危害重。