先由须根、支根变褐腐烂，逐渐向主根蔓延，最后导致全根腐烂，直至地上茎叶自下向上枯萎，全株枯死。该病常与地下线虫、根螨的为害有关，在土壤粘度重、田间积水过多时发病严重。黄芩、丹参、板蓝根、黄芪、太子参、芍药和党参等易感染此病。防治：播前用丙线磷等杀虫药剂撒施整土，防治地下害虫，同时施腐熟有机肥，以增强抗病力。发病初期可用甲基托布津、多菌灵800—1000倍液灌根，
雨后及时排水。

二、根结线虫病

由于根结线虫的寄生，在药材根部长了许多瘤状物，致使植株生长缓慢、叶片发黄，最后全株枯死。此病为害丹参、桔梗、黄芪、人参和北沙参等。防治时最好与禾本科作物轮作或水旱轮作综合防治。药剂防治方法：1、土壤消毒。在播种或定植前，每平方米用菌线威0.3—0.5克，对水3500—7500倍液或对过筛湿润细土200—500倍均匀喷洒或撒施在土表上，有条件的可用地膜覆盖48—72小时；或每亩用5%线净3—4公斤，拌细土均匀施入播种沟或播种穴内。2、生长期(发病期)。用菌线威3500—7000倍液，浇灌植株基部。

三、白绢病

常在近地面的根处或茎基部，出现一层白色绢丝状物，严重时腐烂成乱麻状，最终导致叶片枯萎、全株死亡。常在雨季或土壤受渍条件下发病。此病为害黄芪、桔梗、白术、太子参和北沙参等。防治时应与禾本科作物轮作或用多菌灵、甲基托布津液浸种消毒。

四、立枯病

最初是幼苗基部出现褐斑，进而扩展成绕茎病斑，病斑处失水干缩，致使幼苗成片枯死。此病为害黄芪、杜仲、人参、三七、白术、北沙参、防风和菊花等。处理办法：降低土壤湿度，及时拔除病株，并用多菌灵等处理土壤，喷药预防其他健株感染。

五、枯萎病

发病初期，下部叶片失绿，继而变黄枯死。重茬地、排水不良的粘土地发病严重。黄芪、桔梗和荆芥等药材常感染此病。防治办法：应与禾本科作物轮作，发病初期用多菌灵、甲基托布津等药剂喷洒处理。

六、菌核病

发病时幼苗基部产生褐色水渍状病斑，幼茎很快腐烂，造成倒苗死亡。病部后期出现的黑褐色颗粒即为菌核。此病为害丹参、人参、白术、半夏、川芎、川蒡、延胡索和牡丹等。防治方法上除实行轮作外，还要在发病中心撒施石灰粉，植株上用多菌灵或禾枯灵水溶液喷洒。