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食用菌的菌种制作是食用菌栽培的前提，纯度高生命力强的菌种是食用菌栽培取得丰产优质的先决条件。菌种质量的好坏不仅关系到一个种菌场的经济效益高低和信誉好坏，而且关系到广大菇农的栽培效益。随着食用菌产业的大发展，菌种的生产量不断扩大，由于菌种污染而造成的经济损失也在成倍地增加，这已成为食用菌发展不可忽视的问题。从菌种生产的各个环节入手，客观地分析造成污染的原因，采取相应的预防措施，才能达到降低制种成本，提高菌种质量和产量的目的。
减少菌种污染可以采取以下措施：
一、安排时节。在夏季潮湿环境中，若温度适宜，杂菌滋生蔓延快，而每年的7～8月份是制作蘑菇原种、栽培种的适宜季节，但此期各地普遍高温多雨，杂菌非�；钤�，也是菌种受污染最严重的时期。高温季节，食用菌的接菌时间提前或延后，是降低杂菌污染的一条经济有效的途径。具体做法是在7～8月份的气温较低的时间段接菌，如早晨或晚上。当然，如果在有空调的室内接菌效果更佳。
二、配培养料。用于制作原种、栽培种的培养料，原料要新鲜，成团、结块的料要打碎，难吸水的培养料应先用足够的水拌湿，然后充分拌匀。培养料中拌入0.1%～0.2%的多菌灵可湿性粉剂，可抑制木霉和青霉的生长。用常压灭菌，拌料后要及时装瓶(袋)，上锅灭菌，搁置时间不宜超过5小时。
三、细心装料。根据培养料性质、培养时间、灭菌方法等，选用合适的瓶或袋，培养料装至离棉塞2～3厘米处，抹净瓶(袋)口，然后加棉塞，以免水分和培养料沾污。制作母种注入培养基时要细心，切勿将培养基沾在试管口上。加棉塞要松紧适中，若过松容易进入杂菌。
四、彻底灭菌。在灭菌锅内，试管要竖放，瓶(袋)摆放要留空隙，棉塞不能相互挤压。根据培养料和容器装置，确定灭菌蒸汽压力(或温度)和灭菌时间，注意排冷空气，而且放气速度要慢。
五、无菌操作。每个操作环节都要严格按无菌操作规程进行，进入接种室后要少走动、少说话。料袋灭菌后冷却至不烫手时搬动，可减少袋壁破裂，接种环境清洁，接种室(箱)要密封和严格消毒。接种用具保持清洁，用前消毒处理，棉塞潮湿应更换灭菌过的干燥棉塞。
六、选健壮菌。选用无污染、菌丝生长健壮的适龄母种和原种，接种前认真检查，并且不要用表层菌种接种。接种时最好破开瓶底，从下部接至表面2～3厘米处。若以瓶口取种，应把上层2～3厘米的菌种挖掉，然后接种。
七、清洁干燥。培养室要通风干燥，启用前清扫、消毒。培养菌种期间，每天要适当通风。当空气湿度大于70%时，要用吸湿机、空调机或用生石灰、木炭等降低室内湿度。
八、定期检查。接种后5～7天检查一次。污染杂菌的，要及时拣出处理，并且分析原因，加以控制。搬动培养瓶(袋)要小心轻放。预防老鼠、蟑螂等为害带入杂菌。
