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减轻对环境的污染。不需要对猪粪采用清扫排放，也不会形成大量的冲圈污水，从而没有任何废弃物、排泄物排出养猪场，基本上实现了污染物“零排放”标准，大大减轻了养猪业对环境的污染。
节省药费。猪吃了微生物菌以后，能帮助消化，还在一定程度上提高猪群的抵抗力，并且发酵床养猪减少了药物的使用，同时减少了猪肉的药物残留问题。
节约能源。常规法养猪，需大量的水来冲洗猪粪尿，而采用此法只需提供猪只的饮用水，能节约80%～90%的水；发酵床产生热量，猪舍冬季无须耗煤耗电加温，节省了能源支出。
节省饲料。原理是粪便给菌类提供丰富的营养，促使有益菌不断繁殖，形成菌体蛋白，猪只通过拱食圈底填充料中的菌体蛋白，补充了营养，因而在一定程度上可以相对节省饲料。
变废为宝。垫料在使用一年半后，形成可直接用于果树、农作物的生物有机肥，达到循环利用、变废为宝的目的。 发酵床养猪的缺点
不能使用化学消毒药品和抗生素类药物。如果使用，将杀灭和抑制微生物（所谓的益生菌），或抑制其繁殖，使得微生物的活性降低，虽然发酵床养猪疾病比传统饲养发病率低，但不是不会发生。而当猪场和猪群发生呼吸道疾病时，养猪户面临着两难的选择，不用药，猪生长速度缓慢，成活率、生长速度、饲料报酬均降低。另外，所谓的益生菌是不可能抑制病毒的，当猪场发生蓝耳病、圆环病毒等常见病毒性疾病，或者口蹄疫、猪瘟等烈性传染病时，连化学消毒药都不能使用，单纯靠隔离治疗疫病是不可能控制住的，一旦发病将损失惨重。
建设成本高。猪舍占地面积大，100平方米只能养50头～70头猪（每头猪占地面积1.5平方米），而目前规�；沓�100平方米可饲养100头猪，因此需要一大笔费用来改造。
养猪成本不一定能下降。有些发酵床养猪的推广者强调一次性喷洒菌液可以维持很长时间的菌种生长。要知道，菌种的生长是和垫料的组成以及温湿度直接相关。就目前所呈现的比较粗犷的垫料组成，不能为菌种的生长提供适宜的条件，那就需要定期喷洒，但菌液的成本代价又是非常高的，因为对浓度要求比较高，势必会增加成本。
易造成猪抵抗力下降。发酵床是靠木屑、米糠等粉状物吸收猪的排泄物，而猪有拱食的习惯，木屑、米糠等粉状物会因为猪拱食物进入呼吸道，造成呼吸道疾病。发酵后在垫料中存在着大量的霉菌毒素，猪只采食霉菌毒素后，常引起其免疫抑制，抵抗力下降，造成饲料报酬不升而降。
夏季猪舍内温度过高影响猪的生长发育。很多猪场猪舍内均装有空调，猪舍内发酵起来温度太高，夏天不利于猪的健康生长。特别是在我国的南方地区，本来气温就很高，发酵散热虽然表层温度并不高，但猪所处的环境温度上升，猪只生长速度缓慢，饲料报酬有所下降。
床面湿度控制在60%左右。湿度过低不利于微生物繁殖，并会导致猪发生呼吸系统疾病，而湿度过高猪寄生虫病危害严重，猪在啃食菌丝时将虫卵再次带入体内而发病，而且皮肤病危害严重。
劳动量不一定能降低。发酵床养猪，猪群转群较为不便，饲喂也较麻烦，如果没有配合较先进的饲喂设备，饲养员的劳动量不一定能降低。
如何使菌种适应不同气候条件。由于猪舍是半开放式的，受外界的环境变化的影响，如何使菌种在不同的气候条件下都能发挥较高的效率也是一个需要解决的问题。
根据目前我国的实际情况，大规模推行发酵床养猪仍值得探讨，客观地说，目前发酵床养猪法比较适合我国北方地区规模较小的养猪户 （场）应用。
