主要与豆奶粉的内在质量有关。
豆奶粉溶解后形成的乳状液是一种复杂的不稳定体系，同时具有悬浮液、乳浊液、真溶液的特性，较易发生蛋白质及固体颗粒凝聚沉降分层现象。影响豆奶粉冲调时分层的因素主要与其中的蛋白质、粉体颗粒性质有关，同时也受一些外界因素（搅拌、水温、冲调浓度等）影响。
1、蛋白质的变性
蛋白质的变性主要与加工过程的工艺控制参数有关，如豆奶溶液的浓度、PH值、灭菌温度、喷粉时的干燥温度及其所强化的矿物质等，都会引起豆奶蛋白质发生不同程度的变性，溶解度变差，冲调时就会沉淀析出。
2、豆奶粉的颗粒性质
颗粒的大小、多孔性、表面是否包埋涂膜等都将影响到颗粒的润湿分散性，良好的润湿分散性（速溶性），可以形成稳定的乳状液，否则就会发生沉淀分层现象。
3、豆奶溶液的均质程度
均质是生产优质豆奶粉不可缺少的工序。均质时，溶液中的脂肪和蛋白质由粗大的颗粒加工成极微细的颗粒，减缓粒子的沉降速度，从而形成均匀的分散体系，提高了豆奶粉的组成稳定性，也就保证了豆奶粉在冲调时的均一润湿与分散。否则就会出现豆奶粉润湿分散不均一、发生颗粒沉降现象。
4、用于改善冲调性/速溶性的配料
如乳化剂、糖类、糊精等，合理添加上述配料可改善豆奶粉的速溶性，可以减少冲调时的分层现象。