气相、液相色谱样品瓶清洗不彻底的潜在问题包括：

导致的分析物损失；溶剂与隔垫作用产生的色谱杂峰；自动进样器的机械损坏；样品降解；进样重复性差等等。总之会出现因清洗后的色谱样品瓶洁净度达不到要求而导致实验结果发生偏差的情况。按玻璃仪器洗涤方法根据污染程度选择清洗方法，下面介绍五种清洗色谱样品瓶方法：

第一种：酒精清洗

1、倒干色谱样品瓶内试液。

2、全部浸入95%酒精，超声洗2次后倒干，因为酒精易进入1.5mL的小瓶，且能与大多数有机溶剂互溶以达到。

3、倒入清水，超声洗2次。

4、倒干瓶内洗液，于110摄氏度烘1~2小时，注意不能于高温下烘烤。

5、冷却，保存。

第二种：甲醇+超声波清洗

1、先用甲醇（色谱纯）浸泡，并超声清洗20分钟，后将甲醇倒干。

2、再将色谱样品瓶内注满水，超声清洗20分钟，后将水倒干。

3、后将色谱样品瓶烘干。

第三种：纯水+超声+乙醇清洗

1、自来水冲洗几遍。

2、放入倒有纯水的烧杯中，超声15分钟。

3、换水，再超声15分钟。

4、泡在倒有无水乙醇的烧杯中。

5、然后取出自然风干。

第四种：过氧化氢+酒精清洗

1、一般都是先用清水冲洗烘干后再用强氧化氢洗液洗液浸泡。