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1、环境
活鱼微生物很大程度受所处环境的影响，淡水鱼的微生物与淡水中微生物类似；海鱼则具有海洋微生物。
2、食性差异
鱼食性差异影响鱼肠内细菌的组成，摄氏动物性食饵者，以大肠埃希氏菌、链球菌、魏氏梭菌等分解蛋白的细菌占优势；摄氏植物性食饵者，嗜酸杆菌、双歧杆菌居多。
3、捕捉海域
在温带捕捉的鱼，嗜冷菌比例大；在亚热带、热带捕捉的鱼，嗜温性细菌较多。
4、污水污染
当污水流放到天然水中时，水被粪便污染，肠道致病菌就会附着于鱼体表、鳃或吞入肠道内。
5、其他
鱼捕捞上岸后，有的微生物开始死亡。但在运输及加工过程中，又会接受新的污染，种类和数量均会发生变化。
1、鱼的微生物主要分布于鱼的体表、鱼鳃与肠道。通常情况下鱼肉应该是无菌的。鱼皮肤及鳃上的细菌数量是
102—108CFU/cm,肠道内为103—108CFU/cm/L.
2、鱼体表及鳃的微生物区系也反映了鱼所生活的水中的微生物种类。淡水鱼体表的假单孢菌属、无色菌属、气单孢为优势菌；海水鱼以假单胞菌属、无色菌属、弧菌属、黄杆菌属及微球菌属为优势菌。
3、鱼也有酵母菌，常见于鳃及粘液层。
4、真菌在鱼肉不如畜肉中多，其原因可能是鱼体上水膜使其与空气隔绝的缘故。
5、与体表相比，埃希氏菌属和厌氧性细菌在肠道中多见，假单孢菌属及微球菌属比表皮上少。
6、鱼肠中大肠杆菌有两类，即人大肠杆菌及鱼大肠杆菌。
7、鱼肠内存在的对人致病的微生物常是污染的，还发现肠道病毒。
8、鱼鳃是鱼对微生物最易感的部位，鱼感官性状的改变最早出现在鳃。
9、新鲜的鱼肉是无菌的，在0℃保持干燥，鱼体表也很少有菌生长。
1、副溶血性弧菌被列为食物中毒的重要病原菌。日本每年细菌性食物中毒病人有50-70%是由此菌引起。我国沿海城市如江苏、上海、浙江等地是副溶血性弧菌食物中毒流行的主要地区。该菌感染剂量为106-108，食物被污染时菌量可能很少，但是它生长速度快，在室温就能生长。该菌生长最适宜温度是35-37℃，最适Ph7.5.
2、据CDC公布资料，肉毒中毒中鱼的重要性占各种食品中第二位，在日本则居首位。肉毒中毒因吃鱼发生的爆发主要是E型，E型芽孢的抵抗力较低，芽孢的耐盐力不如A型和B型。通常情况下，冰冻可以阻止细菌生长和产毒，但不能杀死或灭活毒素。肉毒毒素对肉缺乏抵抗力，A型80℃5-6分钟，B型90℃15分钟，E型耐热不及A及B。
3、沙门氏菌也是可通过鱼传播的致病菌之一，鱼污染沙门氏菌是比较常见的。沙门氏菌在鲶鱼中检出率占25%，墨鱼中占14%。以上鱼都是冰冻的，沙门氏菌在低温下仍能存活。
4、鱼也会携带其它种类的微生物如霍乱弧菌、李斯特氏菌等。
5、鱼的二次污染机会很多，冰冻鱼从运输到加工时细菌处于低水平，加工后呈10倍上升。油煎鱼中溶血性链球菌、大肠菌群数降低，但抵抗力强的葡萄球菌、微球菌及一些厌氧菌有时仍存在。煮过的鱼会再度污染葡萄球菌、沙门氏菌，葡萄球菌阳性率可达75%。
贝类中和人健康关系最大的是双壳纲也叫无头纲。
牡蛎：食用牡蛎引起的肠道传染病事件中绝大多数是伤寒，也有霍乱、副溶血性弧菌等。到目前为止，预防食用牡蛎所致感染的最好办法是自净：即将可能受到污染的牡蛎放养在清洁的海水中，一般7-10天基本达到自净。
毛蚶：俗称瓦楞子，养殖两年成熟。1982-1988年，上海发生过两次由毛蚶引起的甲型肝炎。毛蚶也受海水中致病性弧菌的污染。
蛤：蛤有很多种，文蛤是其中之一。文蛤可污染霍乱弧菌、副溶血性弧菌、甲肝病毒等。
